南京作为一个发达的城市，不仅拥有众多的商业、金融机构、政府机构，还有南京多家司法机构能做临床鉴定的专业机构。

其中，南京的法医鉴定机构，主要是指接受司法机关委托的法院委托、检察院委托或医学鉴定机构委托的司法鉴定机构。一般来说，这类机构肩负的使命就是根据司法部门提出的要求，对涉及法律纠纷的事实事项、病死事故、刑事犯罪和双方争端的文字和数据提供司法有效的鉴定意见。

另外，南京市还有《南京医疗司法鉴定规范》，旨在规范司法鉴定机构的专业能力，促进医疗司法鉴定工作的持续改进，为司法审判过程的科学化和有序地进行提供司法依据。根据《南京医疗司法鉴定规范》，南京市有司法鉴定资质的医院有：南京市人民医院，东南大学附属中大医院，南京军区总医院，南京市第二医院，南京市第九人民医院，原南京医科大学第一附属医院，中国人民解放军321总医院，南京市第一医院。

此外，南京市还设有南京市人民检察院司法医学鉴定中心，其负责对司法鉴定有关的事实事项、刑事犯罪和双方争端的文字和数据提供专业的司法鉴定意见；和南京人民医院司法鉴定所，担负责对各类违反《南京市医疗司法鉴定规范》规定的违法犯罪行为提供鉴定意见等机构。此外，南京市法医鉴定机构还包括南京市法院认可的司法鉴定机构，享有南京法院授权的司法鉴定鉴定能力；以及南京医疗司法鉴定机构名录，此名录中共列出了具有司法鉴定资质的医院和机构。

综上所述，南京的司法机构能做临床鉴定的专业机构，主要有南京的法医鉴定机构、南京市有司法鉴定资质的医院、南京市司法鉴定机构名录等。为了保障司法鉴定的专业水平，南京的法医鉴定机构应当遵守南京市《司法医学鉴定规范》及《南京医疗司法鉴定规范》，确保司法鉴定结果准确、客观。