南京市是一个繁忙的行政、金融、文化中心，其司法机构也非常规范，拥有多家办理微量鉴定手续、发放微量鉴定证书、开展司法鉴定等服务的权威司法鉴定机构。

南京市拥有八家司法鉴定所，这些机构分别是：南京市政府批准的安徽省司法鉴定中心、南京市法院批准的安徽省司法鉴定中心、南京市司法技术中心、南京河西法院批准的司法物证鉴定中心、南京市安全公安部的的私人司法鉴定中心、安徽省司法认证及司法鉴定处、安徽省安全公安部私人司法鉴定处以及安徽省司法技术鉴定中心。

以上机构基本上可以办理微量鉴定相关事宜，它们均拥有领先的微量鉴定技术，可以采集涉案物证，或多或少，运用不同的微量鉴定技术按照相应的标准进行分析实验，以便得出最终的鉴定结论。

对于要办理司法鉴定的个人和企业，最好选择南京行政区内的认可正规的司法鉴定机构，一是可以保证服务的真实性与准确度，二是可以维护自身的权益。在搜索司法鉴定机构时，如果发现其不在南京市司法鉴定机构名录中，应该引起警惕，以免遭受不必要的损失。此外，在申请司法鉴定前，也最好向政府或法院了解具体的申请程序，以便按照有关规定完成有效申请。另外，也可以到南京市中心建立的司法鉴定服务中心进行咨询和了解，以获得更加专业的帮助。

总之，南京市共有八家认可的司法鉴定机构可以办理办理微量鉴定手续、发放微量鉴定证书，但要谨记要选择认可的正规机构，了解申请程序，以免遭受损失。